עמותת ימ”ס הוקמה בשנת 1999 ע”י גב’ ענת אברם אחותו של אלי אברם מפקדה הראשון של יחידות הימ”ס. מטרתה הראשונית – הגשמת צוואתו הרוחנית והחינוכית של אלי. במהלך השנים הצטרפו עוד 3 יחידות מסתערבים לפעילות העמותה וכיום הינה העמותה הרשמית ל-4 יחידות הימ”ס. העמותה מהווה בית לכל הלוחמים המשרתים מהעבר ומההווה, הבוגרים והמשפחות השכולות ופועלת למען רווחת לוחמיי היחידות ומהווה לעמוד התווך של הלוחמים.

העמותה פועלת במספר מישורים שונים, המישור העיקרי הנו תמיכה רווחית ללוחמים על מנת ליישם את חזון העמותה. פעילות העמותה הינה במספר פרויקטים שנקבעים על ידי הועד המנהל בשיתוף עם מפקדי היחידות בעבר ובהווה ובהתאם לצרכים המועלים מהשטח. מישור נוסף, הוא ליווי ותמיכה בלוחמים בודדים גם לאחר השחרור והענקת מלגות. חברי העמותה והצוות המשפטי מלווים את הלוחמים שלקו בפוסט טראומה עד מתן הכרה רשמית. וכמובן, העמותה משלבת את הלוחמים בפעילויות המעודדות מערובות ואחריות חברתית למען החברה הישראלית.

העמותה מונה מאות חברים ופעילותה ממומנת מדמי חבר ומתרומות, לעמותה יש אישור מוסד ציבורי לעניין תרומות לפי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה.